Séquençage génomique : comment la technologie transforme la surveillance des maladies en Afrique

La surveillance des maladies infectieuses entre progressivement dans une nouvelle ère grâce aux technologies génomiques.

En Afrique, plusieurs pays renforcent leurs capacités afin de pouvoir analyser directement le matériel génétique des virus, bactéries et parasites. L’objectif est d’obtenir des informations plus précises sur les agents pathogènes qui circulent dans les populations.

En Érythrée, le Laboratoire national de santé développe actuellement ses capacités de séquençage génomique avec l’appui de l’Organisation mondiale de la Santé.

Qu’est-ce que le séquençage génomique ?

Le séquençage génomique permet d’analyser le matériel génétique d’un organisme ou d’un agent pathogène.

Dans le domaine de la santé publique, cette technologie peut aider les scientifiques à mieux comprendre les caractéristiques des virus, bactéries et parasites qui circulent dans une population.

Elle peut également permettre de suivre leur évolution au fil du temps.

L’intérêt est considérable : mieux connaître un agent infectieux permet aux autorités sanitaires de disposer d’informations supplémentaires pour orienter leur réponse.

Détecter les résistances aux médicaments

L’un des avantages majeurs du séquençage génomique concerne la surveillance de la résistance aux antimicrobiens.

Certaines bactéries peuvent développer des mécanismes leur permettant de résister à certains médicaments. Cette résistance représente un défi croissant pour les systèmes de santé.

L’analyse génomique peut aider les scientifiques à identifier certaines caractéristiques génétiques associées à ces résistances et à mieux comprendre leur évolution.

Cette information peut ensuite contribuer à orienter les stratégies de surveillance et de santé publique.

L’exemple de l’Érythrée

En Érythrée, le Laboratoire national de santé joue un rôle central dans le système de surveillance du pays.

Il coordonne un réseau de plus de 77 laboratoires répartis sur le territoire national et participe aux activités de contrôle de la qualité et à l’introduction de nouvelles technologies diagnostiques.

Le développement du séquençage génomique permet désormais au pays de renforcer sa capacité à produire localement des données scientifiques.

Cette évolution est particulièrement importante pour la surveillance des maladies émergentes et réémergentes.

Pourquoi produire les données localement ?

Pendant longtemps, certains pays ont dû dépendre de capacités de laboratoire situées à l’extérieur de leurs frontières pour réaliser des analyses complexes.

Le développement de capacités nationales peut permettre de réduire certains délais et d’améliorer l’autonomie scientifique.

L’OMS souligne que les données produites dans les laboratoires permettent notamment de mieux identifier les microbes qui circulent, de surveiller les résistances aux traitements et de contribuer à une prise de décision sanitaire plus rapide.

Une technologie utile lors des épidémies

Lorsqu’une maladie infectieuse apparaît ou se propage rapidement, les autorités doivent savoir quel agent pathogène circule et comment il évolue.

Le séquençage génomique peut fournir des informations complémentaires aux méthodes classiques de diagnostic.

Il peut notamment aider à :

• identifier et caractériser certains agents pathogènes ;
• suivre leur évolution ;
• détecter certaines mutations ;
• surveiller les résistances aux médicaments ;
• contribuer à l’investigation des flambées ;
• améliorer les connaissances scientifiques disponibles.

Il ne remplace cependant pas les autres outils de surveillance et de diagnostic. Il constitue plutôt un élément supplémentaire dans un système intégré de surveillance sanitaire.

Former les scientifiques est aussi essentiel que posséder la technologie

L’acquisition d’équipements modernes ne suffit pas.

Pour utiliser efficacement le séquençage génomique, les pays ont besoin de scientifiques, de techniciens et de spécialistes capables de produire, analyser et interpréter les données.

En Érythrée, l’initiative soutenue par l’OMS cherche justement à renforcer non seulement les équipements, mais aussi les compétences nationales.

Cette dimension humaine est essentielle pour assurer la durabilité des capacités scientifiques.

Vers une surveillance plus moderne des maladies

L’expérience érythréenne illustre une évolution plus large de la santé publique africaine.

Les technologies génomiques peuvent contribuer à rapprocher la surveillance des maladies des réalités locales.

Associées aux systèmes classiques de surveillance, aux laboratoires, aux données cliniques et aux informations épidémiologiques, elles peuvent renforcer la capacité des pays à détecter et comprendre les menaces sanitaires.

L’OMS considère d’ailleurs le renforcement des capacités nationales comme un élément important de la préparation aux futures urgences sanitaires.

Une technologie stratégique pour la santé mondiale

Les maladies infectieuses ne connaissent pas les frontières.

Un agent pathogène identifié dans un pays peut potentiellement se propager à d’autres territoires. La capacité à produire rapidement des données génétiques devient donc un élément de plus en plus important de la sécurité sanitaire mondiale.

Pour l’Afrique, renforcer ces capacités localement peut contribuer à améliorer la détection précoce et à réduire la dépendance à des analyses réalisées à l’étranger.

Le séquençage génomique ne constitue pas une solution unique aux épidémies, mais il représente un outil scientifique puissant pour mieux comprendre les agents pathogènes.

L’expérience de l’Érythrée montre l’importance de combiner technologie, expertise scientifique, laboratoires performants et systèmes de surveillance solides.

À mesure que les pays africains développent leurs propres capacités génomiques, la surveillance des maladies pourrait devenir plus rapide, plus précise et davantage adaptée aux réalités locales.

La prochaine bataille contre les maladies infectieuses ne se jouera donc pas uniquement dans les hôpitaux : elle se gagnera aussi dans les laboratoires capables de comprendre les agents pathogènes avant qu’ils ne deviennent une menace majeure.

Source principale : Organisation mondiale de la Santé — Bureau régional pour l’Afrique, Genomic sequencing strengthens public health in Eritrea, 17 juillet 2026.